ក្នុងក្របខណ្ឌច្បាប់ ប្រតិបត្តិការរបស់អាជ្ញាធរសវនកម្មជាតិ គឺផ្អែកលើតួនាទី និងភារកិច្ចដែលមានចែងក្នុងច្បាប់ស្តីពីសវនកម្ម នៃព្រះរាជាណាចក្រកម្ពុជា ដែលប្រកាសឱ្យប្រើដោយព្រះរាជក្រមលេខ ជស/រកម/០៣០០/១០ ចុះថ្ងៃទី០៣ ខែមីនា ឆ្នាំ២០០០។ អាជ្ញាធរសវនកម្មជាតិត្រូវបានដំណើរការយ៉ាងពេញលេញក្នុងឆ្នាំ២០០២។
អាជ្ញាធរសវនកម្មជាតិ បានដាក់ចេញនូវសេចក្តីសម្រេចលេខ ០០៣/០១ ចុះថ្ងៃទី២៨ ខែវិច្ឆិកា ឆ្នាំ២០០១ ស្តីពីរចនាសម្ពន្ធ័គ្រប់គ្រង នៃអាជ្ញាធរសវនកម្មជាតិ ដោយបង្កើតបាននូវរចនាសម្ព័ន្ធគ្រប់គ្រងមួយដែលដឹកនាំដោយអគ្គសវនករ មួយរូប និងមានអគ្គសវនកររង ពីររូប ដែលមានអគ្គលេខាធិការដ្ឋាន ព្រមទាំងនាយកដ្ឋានក្រោម ឱវាទ។
ក្នុងរយៈពេលកន្លងមក អាជ្ញាធរសវនកម្មជាតិបានធ្វើការរៀបចំរចនាសម្ពន្ធ័របស់ខ្លួន និងបានធ្វើការកែសម្រួលឲ្យសមស្របតាមទំហំការងារជាក់ស្ដែង។
ការកែសម្រួលរចនាសម្ព័ន្ធគ្រប់គ្រងនេះផ្តោតសំខាន់ទៅលើការបង្កើតបន្ថែមនូវនាយកដ្ឋាន និងការិយាល័យដើម្បីឆ្លើយតបទៅនឹងតម្រូវការចាំបាច់នៃការងារ។